При подключении файла /bitrix/header.php Bitrix автоматически начинает рендерить шаблон.

Если Вам нужны функции Bitrix API и не нужен вывод шаблона, то можно поступить двумя способами

1) После подключения хидера битрикса выполнить

$APPLICATION->RestartBuffer();

2) Подключить отдельно пролог и отключить некоторые параметры битрикса для безболезненного выполнения

define("NO_KEEP_STATISTIC", true); //Не учитываем статистику
define("NOT_CHECK_PERMISSIONS", true); //Не учитываем права доступа
require $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php";

Второй вариант предпочтительнее, поскольку потребляет значительно меньше ресурсов.

Метод найден на форуме для разработчиков 1C-Bitrix, ссылка утеряна 🙁