При подключении файла /bitrix/header.php Bitrix автоматически начинает рендерить шаблон.
Если Вам нужны функции Bitrix API и не нужен вывод шаблона, то можно поступить двумя способами
1) После подключения хидера битрикса выполнить
$APPLICATION->RestartBuffer();
2) Подключить отдельно пролог и отключить некоторые параметры битрикса для безболезненного выполнения
define("NO_KEEP_STATISTIC", true); //Не учитываем статистику define("NOT_CHECK_PERMISSIONS", true); //Не учитываем права доступа require $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php";
Второй вариант предпочтительнее, поскольку потребляет значительно меньше ресурсов.
Метод найден на форуме для разработчиков 1C-Bitrix, ссылка утеряна 🙁